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HISAT2

是一种快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（包括DNA和RNA）映射到人类基因组群体（以及单个参考基因组）

NovoAlign

一款商业软件,但是如果只是科研用途的话,可以直接从其网站上下载到编译好的程序

TopHat

一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序

SPAdes

可以拼接来自多个平台的测序数据

EGO

模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序

Wannier90

Wannier90使用Marzari和Vanderbilt的方法(MV)进行最大局域化瓦尼尔函数计算

Quantum ESPRESSO

免费，用于电子结构计算和材料建模的从头算量子化学方法的软件套件

CALYPSO

（粒子群优化的晶体结构分析）是一种有效的结构预测方法及其同名计算机软件

ABACUS

（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机代码目标是从第一原理开始的大规模电子结构模拟

PWmat

原子尺度方面的材料模拟软件包，它基于第一性原理，利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算、分子动力学模拟

DACAPO

基于密度泛函理论计算总量的程序

Smeagol

基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(NEGF)的从头电子疏运代码