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BLAST

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具

InterProScan

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

SAMtools

一套与高通量测序数据交互的程序

T-Coffee

准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息,实验数据等用于序列比对

MUMmer

一个快速比对两个基因组序列的软件

NAMD

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件

Bowtie

超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具

Lammps

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

ABySS

一个短序列的从头拼接软件

Velvet

用于拼接短序列组装

GenomeComp

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具

PAML

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包