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SIMULIA XFlow

提供了独立的粒子型 Lattice Boltzmann 技术，可实现保真度计算流体动力学 (CFD) 方法

COMSOL Multiphysics

CFD 模块，定义和研究流体流动系统以及与其他物理现象耦合的流体流动系统

Altair FEKO

一款综合性计算电磁 (CEM) 软件，广泛应用于 电信、汽车、航空航天和国防等行业

NWChem

使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可进行经典分子动力学和自由能模拟

GAMESS

从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF计算波函，其中一些使用CI和MP2修正

CFOUR

以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰、CI、QCI计算

TINKER

一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持多种模型

AUTODOCK

主要应用于执行配体—蛋白分子对接

DOCK

Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一

Blast

能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能

CPMD

密度泛函平面波赝势代码，一款用于分子动力学从头计算的开源软件

ESPResSo

用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子动力学软件包