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GPAW

性能与VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛函理论（DFT）Python代码

Phonopy

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件

Meep

免费的开源软件包，用于通过有限差分时域（FDTD）方法模拟电磁系统

MPB

免费的开源软件包，用于计算串行和并行计算机上的频带结构，色散关系和周期性介电结构的电磁模式

WRF

一个应用广泛的开源气象模拟软件

FVCOM

用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分

EMBOSS

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包

HMMER

基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对

GROMACS

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

ClustalW2

一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系

ClustalW-MPI

并行ClustalW

FASTA

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域