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计算生物学

EGO
EGO

模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序
SPAdes
SPAdes

可以拼接来自多个平台的测序数据
TopHat
TopHat

一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序
NovoAlign
NovoAlign

一款商业软件,但是如果只是科研用途的话,可以直接从其网站上下载到编译好的程序
HISAT2
HISAT2

是一种快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（包括DNA和RNA）映射到人类基因组群体（以及单个参考基因组）
Megahit
Megahit

用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序，例如土壤
CAP3
CAP3

序列组装程序
Phylip
Phylip

一款很经典的构建进化树的软件
MrBayes
MrBayes

使用贝叶斯方法构建系统发育树
PAML
PAML

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包
GenomeComp
GenomeComp

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具
Velvet
Velvet

用于拼接短序列组装
ABySS
ABySS

一个短序列的从头拼接软件
Lammps
Lammps

分子动力学相关的一些计算和模拟工作
Bowtie
Bowtie

超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具
NAMD
NAMD

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件
MUMmer
MUMmer

一个快速比对两个基因组序列的软件
T-Coffee
T-Coffee

准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息,实验数据等用于序列比对
SAMtools
SAMtools

一套与高通量测序数据交互的程序
InterProScan
InterProScan

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能
BLAST
BLAST

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具
FASTA
FASTA

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域
ClustalW-MPI
ClustalW-MPI

并行ClustalW
ClustalW2
ClustalW2

一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系
GROMACS
GROMACS

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包
HMMER
HMMER

基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对
EMBOSS
EMBOSS

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包
mpiBLAST
mpiBLAST

NCBI BLAST的免费开源并行实现。通过数据库碎片，查询分段，智能调度和并行I/O有效利用分布式计算资源，mpiBLAST将NCBI BLAST性能提高了几个数量级，同时扩展到数百个处理器。
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