超级计算

使用贝叶斯方法构建系统发育树

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具

用于拼接短序列组装

一个短序列的从头拼接软件

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件

一个快速比对两个基因组序列的软件

准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息,实验数据等用于序列比对

一套与高通量测序数据交互的程序

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域

并行ClustalW

一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包

NCBI BLAST的免费开源并行实现。通过数据库碎片，查询分段，智能调度和并行I/O有效利用分布式计算资源，mpiBLAST将NCBI BLAST性能提高了几个数量级，同时扩展到数百个处理器。

开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力学、结构力学、声学、热力学模拟

一款用于结构分析的有限元软件，适合固体、流体、传热等多领域问题，集成了前后处理和求解器

一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD软件

一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算流体动力学问题

专门适用于海洋或者海岸工程

为数值计算提供预处理和后处理的开放源代码的通用平台，由众多可再用组件构成，这些组件适用于多种硬件架构

由EDF自1997年起自主研发的一款通用计算流体力学开源软件

结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门的“机械和声学分析”部门开发

基于ＬＢＭ方法的计算流体软件，主要用于流体模拟

一个针对不同的的流动编写不同的C++程序集合