Cubep3m
专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序，利用MPI和OpenMP两层并行结构对N体问题Particle-Mesh算法进行加速
排序
Moose Framework
面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决多尺度非线性的地球科学和工程力学问题
CESM
程序主要分为模拟大气、地表、海洋和海冰四大部分
Fds
一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD软件
SELFE(ELCIRC)
基于非结构化三角形网格，专为有效模拟三维斜压循环而设计
CMAQ
通过整合多个相关科学规律模拟空气质量问题发生的全过程
MM5
中尺度天气预报模式
GADGET-2
一个极为流行的宇宙学模拟程序
COSMOMC
宇宙学和天体物理研究中经常用到的一款重要的程序包
CAP3
序列组装程序
Megahit
用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序，例如土壤
HISAT2
是一种快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（包括DNA和RNA）映射到人类基因组群体（以及单个参考基因组）
NovoAlign
一款商业软件,但是如果只是科研用途的话,可以直接从其网站上下载到编译好的程序
TopHat
一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序
SPAdes
可以拼接来自多个平台的测序数据
EGO
模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序
Wannier90
Wannier90使用Marzari和Vanderbilt的方法(MV)进行最大局域化瓦尼尔函数计算
Quantum ESPRESSO
免费，用于电子结构计算和材料建模的从头算量子化学方法的软件套件
CALYPSO
（粒子群优化的晶体结构分析）是一种有效的结构预测方法及其同名计算机软件
ABACUS
（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机代码目标是从第一原理开始的大规模电子结构模拟
PWmat
原子尺度方面的材料模拟软件包，它基于第一性原理，利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算、分子动力学模拟
DACAPO
基于密度泛函理论计算总量的程序
Smeagol
基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(NEGF)的从头电子疏运代码
GPAW
性能与VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛函理论（DFT）Python代码
Phonopy
一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件
Meep
免费的开源软件包，用于通过有限差分时域（FDTD）方法模拟电磁系统
MPB
免费的开源软件包，用于计算串行和并行计算机上的频带结构，色散关系和周期性介电结构的电磁模式
WRF
一个应用广泛的开源气象模拟软件
FVCOM
用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分
EMBOSS
欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包
