CP2K
一款著名的从头算分子动力学软件
排序
TURBOMOLE
进行HF，DFT，MP2计算最快最稳定的代码之一
MPQC
大型并行量子化学软件；支持密度泛函（DFT）
BerkeleyGW
可用于计算从周期性体相晶体到纳米结构多种材料（如二维平面、一维线和分子）的准粒子性质和光学响应
Octopus
一款赝势实空间软件包，用于含时电磁场下的一、二及三维有限系统的电子-离子动力学模拟
XCrySDen
从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算
Multiwfn
能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的波函数分析程序
DOCK
Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一
GAMESS
从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF计算波函，其中一些使用CI和MP2修正
AUTODOCK
主要应用于执行配体—蛋白分子对接
CFOUR
以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰、CI、QCI计算
ESPResSo
用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子动力学软件包
TINKER
一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持多种模型
WanT
用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间的Wannier function来描述体系的哈密顿量
NWChem
使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可进行经典分子动力学和自由能模拟
SIESTA
用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟
ORCA
从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算
PSI4
一款开源的从头计算量子化学软件
DL_POLY
一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合物、离子系统和溶液进行分子动力学模拟
CPMD
密度泛函平面波赝势代码，一款用于分子动力学从头计算的开源软件
Yambo
一款从头计算软件，在多体微扰论及含时密度泛函理论框架下计算电子系统的准粒子能量和光学性质
Blast
能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能
