VASP
维也纳大学开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包
排序
XCrySDen
从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算
国家超算长沙中心
天河1A，0.772Pflops，湖南大学运营，国防科大学提供计算设备和技术支持
Elmer
开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力学、结构力学、声学、热力学模拟
CFD-ACE+
ESI集团开发的商业计算流体动力学求解器，它使用有限体积法求解质量，动量，能量，化学种类和其他标量输运方程的守恒方程。
中科院超算中心
深腾7000，2.3Pflops(0.7CPU+1.6GPU)，元”超级计算系统
Cubep3m
专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序，利用MPI和OpenMP两层并行结构对N体问题Particle-Mesh算法进行加速
Salome
为数值计算提供预处理和后处理的开放源代码的通用平台，由众多可再用组件构成，这些组件适用于多种硬件架构
Smeagol
基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(NEGF)的从头电子疏运代码
Multiwfn
能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的波函数分析程序
DOCK
Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一
国家超算广州中心
天河2A，61.4Pflops，由广东省、广州市、国防科大、中山大学共同建设
GAMESS
从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF计算波函，其中一些使用CI和MP2修正
Altair FEKO
一款综合性计算电磁 (CEM) 软件，广泛应用于 电信、汽车、航空航天和国防等行业
Discovery Studio
达索产品，面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境
Velvet
用于拼接短序列组装
Moose Framework
面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决多尺度非线性的地球科学和工程力学问题
FVCOM
用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算，对研究水体采用非结构网格划分
OpenLB
一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算流体动力学问题
AUTODOCK
主要应用于执行配体—蛋白分子对接
FASTA
通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域
REEF3D CFD
专门适用于海洋或者海岸工程
CFOUR
以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰、CI、QCI计算
ClustalW2
一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系
Megahit
用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序，例如土壤
ESPResSo
用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子动力学软件包
Lammps
分子动力学相关的一些计算和模拟工作
TINKER
一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持多种模型
Spartan
通用建模工具，提供定量数据在分子结构、能源、反应活性、选择性和广泛的分子特性
ADF
跨尺度计算化学平台，包含多种尺度的计算化学方法与智能图形界面
