HMMER
基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对
排序
GROMACS
用于研究生物分子体系的分子动力学程序包
ClustalW2
一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系
ClustalW-MPI
并行ClustalW
FASTA
通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局部重复，找到蛋白质或DNA序列之间的局部或全局相似性区域
BLAST
一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具
InterProScan
通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能
SAMtools
一套与高通量测序数据交互的程序
T-Coffee
准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息,实验数据等用于序列比对
MUMmer
一个快速比对两个基因组序列的软件
NAMD
一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件
Bowtie
超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具
Lammps
分子动力学相关的一些计算和模拟工作
ABySS
一个短序列的从头拼接软件
Velvet
用于拼接短序列组装
GenomeComp
中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具
PAML
一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包
MrBayes
使用贝叶斯方法构建系统发育树
Phylip
一款很经典的构建进化树的软件
DL_POLY
一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合物、离子系统和溶液进行分子动力学模拟
Yambo
一款从头计算软件，在多体微扰论及含时密度泛函理论框架下计算电子系统的准粒子能量和光学性质
PSI4
一款开源的从头计算量子化学软件
WanT
用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间的Wannier function来描述体系的哈密顿量
BerkeleyGW
可用于计算从周期性体相晶体到纳米结构多种材料（如二维平面、一维线和分子）的准粒子性质和光学响应
SIESTA
用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟
Multiwfn
能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的波函数分析程序
ORCA
从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算
XCrySDen
从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和相对论效应，特别着重于开壳层分子的光谱计算
OpenFOAM
一个针对不同的的流动编写不同的C++程序集合
Palobos
基于ＬＢＭ方法的计算流体软件，主要用于流体模拟
